LigBuilder v2.0介绍

    LigBuilder v2.0是基于结构的全新药物设计与优化软件包。本软件包可以自动化的完成对已知三维结构的受体蛋白进行结合位点探测、药物设计、筛选以及合成分析的整个过程。LigBuilder v2.0软件包主要包括如下模块：

    (1) Cavity: 用于对目标受体蛋白进行结合位点探测以及分析，并预测针对结合位点进行药物设计所能达到的最高活性，同时对结合位点的可药性进行预测。Cavity还可以给出结合位点的药效团模型。

    (2) Build: LigBuilder v2.0的主要功能模块. 主要包括如下功能, a) 从头设计, b) 先导优化, c) 片段连接, d) 仿制设计, e) 结合能预测, f) 结构定制, g) 自动筛选, h) 合成分析, i) 子结构搜索, j) 聚类分析.

    (3) 片段数据库: 提供用于构建分子的片段结构，包括同一片段的多种构象。

    (4) 禁止片段库: 用于判定分子的合理性。

    (5) 毒性片段库: 用于判定分子的毒性。

    (6) 合成数据库: 通过逆向合成判断分子的可合成性。

    (7) 所有的输入输出都采用最为通用的格式, 例如，蛋白为PDB格式，小分子为Sybyl Mol2格式，图片为SVG格式。

    (8) 该软件包可以方便的进行集群和分布式运算。

    (9) 该软件包易于操作，通过自动化模式可以提供给用户一键完成的药物设计体验。

    (10) 该软件包可以生成设计报告，并为每个设计分子提供完整的合成路径。

    如果您想了解LigBuilder v2.0的更多细节, 可以参考如下文献：

Yaxia Yuan; Jianfeng Pei; Luhua Lai, "LigBuilder 2: A Practical de Novo Drug Design Approach",J. Chem. Inf. Model., 2011, 51 (5), pp 1083–1091

以及LigBuilder v1.2的文献:

Wang, R.; Gao, Y.; Lai, L. "LigBuilder: A Multiple-Purpose Program for Structure-Based Drug Design", J.Mol.Model., 2000, 6, 498-516.

LigBuilder (version 1.2)下载链接

LigBuilder v2.0使用案例:

Shuaishuai Ni, Yaxia Yuan, Jin Huang, etc. "Discovering Potent Small Molecule Inhibitors of Cyclophilin A Using de Novo Drug Design Approach", J. Med. Chem. 2009, 52, 5295–5298

    LigBuilder v2.0可以运行于UNIX和LINUX平台，暂不支持windows系统。 运行中需要调用OpenBabel软件以完成生成SVG格式图片以及FP2分子指纹的功能，因此需要安装OpenBabel 2.3.0或以上的版本。此外，用户需要准备一个图形化的分子建模软件，以便准备输入文件和处理输出文件。

    LigBuilder v2.0软件包由Dr. Yaxia Yuan 在LigBuilder v1.2（Dr. Renxiao Wang）版本基础上开发. Copyright of the LigBuilder v2.0 program belongs to the Institute of Physical Chemistry, Peking University, China.

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(These web pages are edited by Yaxia Yuan. Latest update: Jan, 2012)