在这个章节中我们收集了LigBuilder v2.0的一些FAQs。希望可以对使用LigBuilder v2.0有所帮助。如果这些FAQs仍然不足以解决问题，请与我们联系：
LigBuilder v1.0版本在1999年9月正式发布。到现在为止，我们已经有了好几百的用户。在这期间，我们得到了用户许多的反馈，包括指出程序的bug以及各种的评论和建议。这些都是我们前进的动力。
十年过去，我们发布了新的版本：LigBuilder v2.0。除了修复bug，主要的改进如下：
（1）除了原本的生长和连接策略，我们发展了新的策略，也即是探索策略。通过这种策略能够非常有效、且自动化的进行药物化学空间的搜索，显著的提升了程序的创造力。
（2）我们使用复数的种子结构替代原本的单一种子结构来作为起始结构。进一步，我们发展了集合式的生长与连接算法，在种子结构间进行优选与组合，以得到更为合理的种子。
（3）改进了打分函数。
（4）发展了后筛选功能用于从结果中挑选分子，降低假阳性率。
（5）发展了内置的合成分析模块来提升设计结果的可合成性。
（6）提升了易用性。
答案是暂时不行。虽然基于DNA的药物设计和基于蛋白设计的原理类似，但有两个原因使得LigBuilder v2.0不能做这件事：（1）需要有计算DNA-配体相互作用强度的参数；（2）DNA的结合位点（小沟）相较于蛋白结合位点（通常是一个凹陷）更为开放，所以需要对设计策略进行进一步的调整。
这个问题比较复杂。当然，最可能的原因是：设置出了问题。对于探索模式来说，对不太适当的参数有较高的容忍性，但对生长模式和连接模式来说，可能就会造成很大的影响。出现这个问题时，首先应该检查这几个地方：使用的种子结构是否已经正确对接到目标结合位点或者是已经放置到正确的地方？种子上指定的的生长位点是否合适？对已连接模式来说，是否有足够多的种子结构用于连接？编辑构建单元库时是否有不当的改动？设置的输出规则是否过于严格以至于没有分子能够满足这些条件？这儿我们需要提醒用户：连接模式的算法较生长模式的算法更为复杂。只有两个片段的构象和化学特性都合适的情况下，才有可能将两个片段连接起来。所以，连接模式得到的结果远少于生长模式得到的结果。如果种子结构的位置、取向不合适，很可能无法将两个片段连起来。如果发生这种情况，需要调整种子库，最好使得片段间有足够的空间用于连接。如果程序依然无法输出结果，请与我们联系。
LigBuilder v2.0会对设计结果进行结合能预测，使用的是Score V4.0的算法。该算法继承于Score V2.0： Wang, R.; Liu, L.; Lai, L.; Tang, Y. "SCORE: A new empirical method for estimating the binding affinity of a protein-ligand complex", J.Mol.Model., 1998, 4, 379-394.如果用户想使用Score V4.0对某个分子与其受体的结合强度进行预测，可以直接使用BUILD模块的"SCORE"功能。
LigBuilder v2.0也会对设计结果的脂水分配系数进行预测，使用的是XLOGP算法： Wang, R.; Gao, Y.; Lai, L. "Calculating partition coefficient by atom-additive method", Perspectives in Drug Design and Discovery, 2000, 19, 47-66. 如果用户想计算某个分子的LogP值，可以从我们的主页下载 XLOGP 程序：http://mdl.ipc.pku.edu.cn/cgi-bin/down.cgi
LigBuilder V2.0 是一个基于结构的多目标药物设计程序。它提供了结合位点分析、先导发现、先导优化、仿制设计、全新设计、分子筛选和合成分析功能。LigBuilder V2.0采用模块化的方式提供这些功能，既可以自由的使用每个模块，也可以使用程序提供的全自动方式来完成自动化的药物设计过程。此外，该程序也非常易于掌握。
然而，我们需要提醒的是：因为药物设计是一个非常复杂，涉及很多问题的过程，虽然我们尝试使药物设计过程更为自动化，但我们不希望用户将这个程序当做黑箱来用。使用LigBuilder V2.0，应该在充分了解目标体系以及程序设定的情况下，将他作为承载设计思路的工具。特别是在分析LigBuilder V2.0给出的最终设计报告时，需要用户使用自己的专业知识进行把关。
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(These web pages are edited by Yaxia Yuan. Latest update: Jan., 2012)